七月二十二日，为老皇帝发丧，二十三日颁皇帝遗诏，命皇长子朱常洛为帝，发帑金二百万两给九边将士，罢天下矿税，于是天下欢腾。
朱常洛召见各位大臣，言明父皇遗命将郑贵妃封为皇后，大臣一片反对之声，都认为历朝历代都没有这样的先例，如果封郑贵妃为皇后，那么置王恭妃（朱常洛生母）于何地。朱常洛也就顺水推舟，将此事暂且搁置再议。
郑贵妃又是恼恨又是惧怕，于是送给朱常洛八个美女，朱常洛照单全收，没有了那个象阴影一样圧在头上的父亲，他完全地放开了自己，每天和美女玩得不亦乐乎，好不快活。
八月初一，朱常洛正式继位，改明年为泰昌元年，升了大量的官员，几乎都是东林人，把他父亲原来留下的坑全部填了。这些日子，朱由校跟着忙惨了，各种各样的礼仪，都需要他这个皇长子参加，每天象个木偶一样，被人牵到东来拉到西，好在身体锻炼得好，还支持得住。
八月初三，他正式进位东宫，太孙终于要成为太子了，把个客氏喜得又是烧香又是拜佛，李进忠在王才人灵前磕了十八个响头，头皮都磕红了。
八月初十，他刚刚当了十天的皇帝父亲生病了。生病的原因，朱由校听到李选侍曾经恨恨地骂道：“这些狐狸精。”想来应该不外如是。召来医官进行了诊治，然而并没有什么起色。
八月十四日，郑贵妃的亲信司礼监秉笔太监崔文升为皇帝献上“通利药”，崔文升掌管御药房，通利药其实就是大黄，相当于是泻药。于是皇帝晚上拉了三四十次，身体更加虚弱。八月二十日，皇帝下旨，封郑贵妃为太后之事作罢。
八月二十一日晚，皇帝召见了朱由校。他先赶走了所有的太监宫女，然后说道：“我身体只怕不行了。”抬手止住朱由校继续道：“自己的身体我还是知道的，你不用多说。我担心的是我走之后，你年纪太小，有些人只怕不一定会服你的，会有阳奉阴违的情况发生，所以我想要封李选侍为皇贵妃，我去之后她就是皇太贵妃，这样以后就可以帮助你。”
朱由校回道：“父皇吉人自有天相，身体会好的。”
“你有孝心我知道，但这个事不用再说。我这样做，你觉得如何？”
“孩儿不明白，为什么不封为皇后呢？这样不是更能帮助孩儿吗？”
“你还是太小，不懂事，太后和皇太贵妃是一回事吗？我希望她帮你，但我不希望她压住你。太后的话你不听不行，会有人说你不孝，但皇太贵妃就没有这个问题了，你明白了吗？”
看来自己真的是不了解政治斗争呀，只会想当然，只想助力越大越好，却没想到助力太大了可能会变成阻力。谁也难以保证李选侍成为太后以后会不会有别的心事，看来还是父亲想得周到呀。
“选侍待孩儿有如亲生，当可为皇贵妃。”
“这句话里有一个词很好，有如，有如亲生而不是亲生，所以我们要用她来帮你挡住一些对你不利的言论什么的，但也要防备她，不能让她做大，你如果能想通的话，我就能放心了。”
“孩儿明白了父皇的意思，请父皇放心。”
八月二十二日，皇帝召见首辅方从哲等人，并让朱由校也在一旁听政。他吩咐大臣说，自己暂时不再上朝，要用心调理身体，国事和太子就托付给他们。并认为自己身体不好是因为崔文升进药不当，将他逐出宫外，同时提出要封李选侍（西李）为皇贵妃。
这天晚上，在浙江道御史左光斗的住处，聚焦了几个人，有大学士刘一燝、韩爌，吏部尚书周嘉谟，户部尚书李汝华，礼部尚书孙如游，兵科左给事中杨涟，光禄寺丞高攀龙，加上左光斗自己，这八个人是东林党中现在在京的最重要人物，今天皇帝要封李选侍为皇贵妃，所以由左光斗召集，一起在这里商量对策。
首先由孙如游发言：“如果李选侍成为皇贵妃，他日如有不忍言之事，她就是皇太妃，她又教养太子多日，到时只怕会严重影响到新皇，只怕到时新皇帝虽然不是她，却胜过是她。”刘一燝道：“我东林诸贤，多年为今上之位力争，所以今上登基，我东林得以林立朝堂，太子登基，我东林对于拥立之功，亦是志在必得，而李选侍成为李贵妃，会成为我们的阻碍。”因为大家都是东林一脉，所以说话就没有什么顾忌。
杨涟皱了皱眉头，看了刘一燝一眼，却没有说话。
周嘉谟道：“为今之计，还是先拖着吧，如果拖到今上大行，那时候可就由不得她了。”
杨涟又皱了皱眉，说道：“李选侍一直受皇上独宠，如封为皇贵妃，则其气焰会尤为嚣张，欲壑难填之下，会做出什么事来可真不好说，我等万万不可让其得逞！先找出理由拖着，和王安联系好，内宫有事要立即通报我等。”
众人都同意他的说法，左光斗更道：“如封其为贵妃，只怕武周之事不远矣。”
大家商量好了，最后决定，先帝的后妃及当今皇上的正妻及太子生母都还没有封后，李选侍封贵妃的事总不能比她们的还先办吧，这样的回复皇上也没办法反对。先拖着吧，等拖不下去了再说。
八月二十四日，皇帝又派人催促封李选侍为贵妃之事。礼部尚书孙如游回复说，要先封神宗的皇后，皇帝的生母为皇太后，再封皇帝的原配，太子的生母为皇后，才能轮到封皇贵妃的事。
八月二十九日，鸿胪寺丞李可灼说有仙丹要呈献给皇上。太监们不敢做主，将事情禀告内阁大臣方从哲。方从哲说:“彼称仙丹，便不敢信。”于是不让通报。这时皇帝再次召见大臣，提出要现在就封李选侍为皇贵妃，大臣都很惊讶，这也太急了吧。朱由校在旁边苦笑，刚才李选侍和他说的可不是皇贵妃能打发的，正在想着时，李选侍突然进了大殿，直接对他说：“哥儿，你出来一下。”然后转身先走了出去，整个过程中连皇帝，大臣看都没看一眼。
朱由校看向皇帝，皇帝无奈地点点头，他只好转身出了殿门。李选侍说：“哥儿，我不是和你说了吗，你为何不直接告诉皇上，我要当皇后。”朱由校小声说道：“娘娘，这种事要慢慢来，不是有句话叫欲速则不达吗，一步一步地来，急不得的。”
李选侍怒了，大声道：“哥儿，我对你如何，你是知道的，这么点事，你都不愿意帮我了吗？快去快去，直接说就行了。”朱由校无奈，只得转身进殿。
大家都在看着他，他只好走近皇帝，轻声说道：“娘娘说她想当皇后。”声音虽小，在这寂静的大殿中，却是大家都听到了。众大臣目瞪口呆，一个个你看我，我看你，不敢相信。
这时，礼部尚书孙如游急忙跪下道：“皇上刚才所言封皇贵妃之事，臣马上去办。”皇帝心领神会，连道：“好，好，速去办理，都退下吧。”朱由校想：“这可不能怪我，我是劝过你了的，这么急干什么呢，先把皇贵妃拿到手不是更好吗，现在这情况很不妙呀。”
这时皇帝听说有人进献仙药了，就叫他献上来，李可灼在中午时分调好了一枚丹药，呈了上来。皇帝吃了这颗红色丹药以后，感觉身体好了许多，竟然想吃饭了。用膳过后，又命李可灼晚上再进一枚。朱由校觉得这东西不大靠谱，便询问御医，御医也觉得不靠谱，但又开不出更好的药来，只好向太子建议，一天吃一枚就行了，不要连着吃的好。
于是朱由校去向皇帝老爸提建议，皇帝好不容易这二十多天身体都不爽，现在吃了这东西感觉好受多了，所以拒绝了太子的建议，晚上又吃了一枚。朱由校一直守到三更响起（晚上十一点），看皇帝没有什么事，才放心地去睡觉。
还没睡一会儿，就被人叫醒了。王安在外面小声地说：“皇上驾崩了。”