朱棣表面相信朱允死了，这是因为只有朱允死了，他才可以合法的登上皇位，但并不意味着他相信朱允己死，他暗地里投入巨大的人力物力，就是为了追杀建文帝。
朱棣继承了老爹的多疑性格，对于人们传说的朱允出逃十分上心，害怕这个侄子将来积蓄力量又翻了自己的天或是自己子孙的天下，于是从他上位后就开始派人寻找朱允下落，而关于朱允的下落，有这样两个说法，一是在皇宫的大火中丧生，那场大火就是他自己点的。
当年朱棣到达南京金川门，当他进入皇宫中时，这里已经是一片火海，建文帝也消失在此，甚至连他手中的玉玺也不见踪影，在正史中，建文帝就是葬身火海，而在朱棣上位后按照皇帝的待遇将自己这个侄子厚葬。
在朱棣与朝鲜王国的文书中，朱棣说自己侄子是在奸臣的威逼下放火自杀的，但是在皇宫大火熄灭后，这里只有马皇后和朱文奎二人的尸体，再没有找到第三个皇家人员，当年朱棣为了让天下的人相信自己侄子已经死了，曾亲自写过一篇祭文，但是将他埋在了哪，大概只有朱棣知道了。
这个墓只是一个衣冠冢，朱棣心中是清楚地，所以他没有公布地点，在他登基后不止一次派人前往各地区探查，不管有打着官方旗号的，就像是郑和，也有很多他私下派出去的民间搜查队，甚至每个锦衣卫所都有寻找的责任在身上，他甚至还下令整合天下的寺院和道观，为的就是了解每一个他认为可能是朱允的人，光是宗教人口整合就花了他20年时间。
据传他任命了胡去寻找建文帝，胡为建文二年进士，授兵科给事中。永乐元年迁户科都给事中。建文帝生死不明，一说削发为僧外逃，朱棣派遣胡四处访查建文帝的下落，以行医名义进行私访，永乐十四年乃还。
永乐十六年六月，成祖又遣礼部左侍郎胡巡江浙，临行前，皇帝告诉他：“人言东宫多失德”，胡暗中调查结果认为并无此事，“以皇太子诚敬晓谨七事密奏之，自是上疑始释”。
永乐二十一年，胡似乎已知道建文帝的下落，史载：“帝已就寝，闻至，急起召入。悉以所闻对，漏下四鼓乃出。先未至，传言建文帝蹈海去，帝分遣内臣郑和数辈浮海下西洋，至是疑始释”
从正史上来说，朱棣应该是知道了朱允下落，此时他己坐稳皇位，朱允又不具威胁，所以命人监视居住，毕竟是皇室一脉，所以饶其一命。
但从皇室秘档来说，建文帝下落另有说法，米柱身为东厂、锦衣卫提督，有权限调阅和知道许多事情，所以对于这秘闻也听到一些风声。
现在据他推测，这骆思恭居然是皇室指定的监视人员，难怪他们骆家三代，可以担任指挥使一职，掌锦衣卫五十年，原来人家是高级看护人呢？
米柱觉得这帮人另有所图，捧高级看护人是假，分他的权是真，掌管东厂和锦衣卫，米柱的势力扩张得极快，其它的人忌惮不己，这事不能再拖了。
米柱离开军机处，立即去找魏忠贤，说起了此事，魏忠贤完全当米柱是心腹，自己人，他为之大怒，喝道：“无耻！把手伸到内廷来了！”
王体乾也有一种领地受到侵犯的感觉，他不悦道：“这只怕是军机处缓和与内阁关系的手段。”
有机构就有权斗，军机处的出现，等于把内阁的军事大权分走，这是真正的大头，权力的核心，内阁不着急，不眼红才怪。
但军机处有内廷、兵部、户部的支持，强力部门都在一块儿了，他们不走内阁的路子，加上皇帝陛下也喜欢呆在军机处，确是让内阁十分尴尬，所以他么给了军机处几位大佬非常大的压力，有鉴于此，孙承宗抛出这位子讨好内阁，也不道什么稀奇事。
一个东厂己是厉害，东厂加锦衣卫，这太令人恐惧了，不应该出现这等权臣。
朝廷运营下去的基本是平衡，然后皇帝居中调度。
魏忠贤道：“王公！这是咱们内廷的事，轮不到内阁的人插手，锦衣卫不听话，咱们的声音传不出宫墙之外。”
米柱道：“就是这个理。”
王体乾道：“着！咱们去面圣，把这件事定下来，省得有人老是掂记着。”
他们三人进宫，求见皇帝。
朱由校正在批阅奏章，他十分高兴，说道：“朕想出了自家的涮锅套餐，维新须得留下来尝尝。”
米柱笑道：“好呀！微臣今日前来，是为锦衣卫指挥使人选的事，这位子极其重要，不宜悬空过久。”
朱由校道：“正好，这里有内阁的几份票拟，他们是推荐前指挥使骆思恭再度出让此职。”
米柱道：“大不妥，锦衣卫在骆某掌管之下，在朝鲜战争期间表现良好，但是在后来的十几年，只能是以庸碌无为而说，当年他就是以尸位素餐，庸碌无为而去职的。”
魏忠贤道：“咱内廷有三个合适人选，许显纯，打开白城城市，引大军入城，擒林丹汗，拿传国玉玺；曹随，十八金刚砥砺出京华，一剑能挡百万师；李旦，纵横海上，他的舰队运回了海量的粮食，现今粮食年年减产还可以令物价稳定，李同知居功至伟。”魏忠贤笑道：“每一位都是人中俊杰，不可多得之才，实在是难以取舍。”
朱由校道：“这里有一份奏章，内阁推荐骆思恭，其实是另有意。”
王体乾接过密折，看了一次，他微微动容。
壬午年靖难之役中，谷王朱和李景隆打开金川门迎接燕王朱棣，朱棣攻入南京紫禁城内，建文帝朱允带着大儿子朱文奎出逃，同年九月到达广西柳州，得到柳州武德将军杨禄安庇护，随后杨禄安被新皇帝朱棣解职。
杨禄安带着建文帝去永州找其江西老乡、永州武德将军王友庆。王友庆将建文帝暂时安置在永州城西郊的三丘田，杨、王、建文帝三人一起商量接下来的藏身处。建文帝说他有奶妈在宁远农村，即新田县金盆圩乡骆铭孙村。王友庆在永州为官多年，熟悉当地情况，认为那里地处偏远、地广人稀，适合躲藏。于是他们三人去了骆铭孙村。
骆氏家族因为和明朝皇室的关系，是当地数一数二的大户人家，非常富裕。骆铭孙村的邓氏接待了建文帝一行，由于邓氏和建文帝的关系，怕招人耳目，于是议定建文帝及其随从先去当和尚隐藏一段时间。
于是建文帝在洞心村建了龙池寺，带着朱文奎入寺当了和尚，成了龙池寺主持。其随从则在龙池寺附近建了景仙寺、三教寺等15座寺庙，以当和尚或道士为名隐迹当地。建文帝为这些寺庙、道观的实际管理者或召集人，和随从以师徒相称，有铁峰、西湖、净济、善坚等5个名号。
为了引开外人的注意力，邓氏和小儿子骆婆保迁往邓氏娘家厦源村，并在村后建永安堡，供建文帝躲藏和居住。为了营造更隐秘的藏身处，也为建文帝还俗后准备，骆家把大观堡一带的田产地产给了建文帝，杨禄安、王友庆就着以前的荡寇将军垒重建大观堡，并在山下安家营造城堡。
这是说当年建文帝其实是逃至了偏远的永州新田了。
另有说法，洪武年间，太祖朱元璋的太子长孙“岁无疾而终。太祖问方士，方土说，如再得一男，必独乳奶妇哺乳之，方得太平。太祖遣官吏四处寻访，等寻到骆铭孙村时，果有一独乳妇人，名为三姑，又刚生骆姓一小儿叫骆寄保。官吏便带其与骆寄保一起到京，与新生皇太孙一并哺之。这个皇太孙就是后为建文帝的朱允，皇帝感谢三姑的哺育之恩，封三姑为一品夫人……。
朱由校道：“奏折上有一份乃骆氏族谱，以诚公（骆寄保之父），生于元至正九年己丑四月二十日戊时，明洪武戊申任指挥千户侯，随征明太祖战阵而亡；妣邓氏（骆寄保之母），生于元至正十一年辛卯十二月十四日已时，殁于宣德三年戊申二月初二曰，卜葬地名看牛岭坤山艮，生二子，长子寄保，次子婆保；寄保公，邑武生，成祖时召募乡勇扫荡元氛，以军功赐爵千户侯，卜居京都顺天府瓦窑头，遗迹具在骆铭孙村谱内；婆保公（骆寄保弟弟），生于洪武六年，殁于大明正统五年，卜葬地名葱头洞，从历史时间、历史空间和社会条件三个方面来看，邓氏抚养过建文帝的传说，并非无稽之谈，骆氏三代守护建文帝，也是不易。“
明面上来说，朱棣是靖难不是造反，朱允死了，他才迫不得己当皇帝，所以，这皇位原本应该是建文一系的，骆氏侍俸先帝多年，有功有劳。