这事是大家都关心的，所以大多数人听了都把手放了下来，这时孙传庭看到杨司奇竟然举起了手，于是点了他来说话。
杨司奇道：“下官刚才听大人说种子免费，心里觉得如果收种子钱，可能还会好些。”
孙传庭奇道：“为何收钱还会好些，推官说来听听。”
杨司奇道：“大人方才所说，种子只够每县二成田地栽种。如果我们免费发放种子，民众心中将会有疑虑，认为不要钱的东西就是不好的东西，反而会拒绝领取种子，或者即便领取后也会弃之不种。下官听说过一句话，不花钱的东西就不会爱惜，一点愚见，请大人指正。”
孙传庭想了一下，确实象是这个道理，于是又问了其他官员，大家都觉得推官的话有道理，如果到时作物种子发了下去，却没人去种，那就不仅令是浪费了。
于是种子就改为高价发售，并由各县和购买的农家签订契约，并由各县提供栽种技术，收获之后，按固定价格进行收购，收购的钱，由孙传庭负责。
然后就是栽种技术的问题，孙传庭带来了三十多个司苑局的熟手，本来准备每县派上一到两个的，也被杨司奇否决了，最后大家一起讨论，决定将这些老农分成四部分，在府里按距离远近开四处学堂，各县选派部分人来学堂集中学习，再下各乡村去指导栽种。
最后就是最重要的军屯问题，孙传庭提出，各所（延安府只有所）原有军户，全部转为民户。卫所屯田进行清理丈量，重新建册。原有栽种军户继续栽种，且赋税按民田收取。
立时就有官员举手要说话，孙传庭点了一个，那人站起来说道：“大人，现有军占民田，民占军田之事，不知应该如何处理？”
“不深究以往，不追夺原地，止按地起课，即责办于见今承种之人，这就是总的方略。本官要的是有人纳粮，不可有隐田，前面的一些糊涂帐，清是清不完的，不如不清了。但丈量之事，一定要仔细，切不可大意。”
原本历史上孙传庭清理陕西屯田时采取的就是这个方略，田是谁的我不管了，只要你交税就行了。现在他更进了一步，交税只需要按民田就行，且连兵役都免掉了。
又有人问：“大人，因军户逃亡，大量抛荒田如何处理，另有军官占有大量田亩者，可否令其继续耕种？”
“抛荒田收回为官田，清理屯田，按原有一分为五十亩，如超过五十亩，则收为官田，可由其继续耕种。”官田和自有田赋税差别大，这会侵夺一些军官的利益，但孙传庭顾不得许多了，肥了他们差了朝廷，那到时募兵的钱从何而来。
官员们都面露难色，卫所的军官们，多数都占有远超定额的田亩，虽然现在卫所屯田已经交由地方官管理，平时他们却是不敢和军官们较真的。
孙传庭明白他们的顾虑，笑笑道：“本官带尚方剑来，便是为了此事，诸位但凡遇到不听招呼的人，尽管报来，由本官斩之。”
虽然说的时候满面带笑，但话中的煞气却显露无疑。众官有他这句话自然放心，得罪人的事又不是自己做，那是好事呀。众人领命而去。孙传庭还要安排司苑局的老农前住各处去当老师，还要安排小太监和当地农民去各处做实验统计，等他忙完这些事后，就开始和通判陆轩便衣巡视屯田清理。
各地均已经乘着农闲开始了屯田的清理，他们的第一站就是安塞县。安塞位于肤施城西北，这里土地较肥沃，收成较高，算是陕西难得的好地方。
两人只带了十来个侍卫，骑马直接进了县城。事前并没有通知安塞县，所以也没人迎接。一行人在县衙前下马，只听见县衙里正传来喧嚷声音，而门前也没有人，于是就让侍卫守在门前，两人就直接走了进去。
大堂里两班人马正在对峙，一边是安塞县令王正约，带着几个两股站站的衙役和小吏，一边是一个身着盔甲的千户，带着十几个杀气腾腾的军汉，那千户正在叫嚣：“屯田是祖制，你有什么资格把老子的田限制在一百亩，老子就是有一千亩田怎么了，你敢动老子一亩试试。”
王正约看到孙传庭大喜，那千户却不认得，上前几步道：“今天衙门关门了，有事明天来吧。”
孙传庭惊异道：“时间才到巳时，衙门怎么能关门呢？这不合祖制吧？”
千户仔细看了看他俩，都是黑黑瘦瘦的样子，放下心来骂道：“老子说关门就是关门了，你再不走，老子打折你的腿！”
孙传庭沉下脸来，这时王正约已经上前跪倒在地，口中叫道：“请知府大人为下官作主。”
千户大惊，他是正五品，知县是正七品，大明以文制武，他这个正五品其实是比不上知县的正七品的，但他一直驻守在安塞，且颇有些背景，而军屯转入地方官府管理时间并不久，所以他从来没把知县放在眼里，但知府是正四品，他再嚣张也不敢在知府面前嚣张。
他立时跪下叩头：“大人饶命，小的有眼不识泰山，冒犯了大人，求大人不记小人过，饶了小的这一回吧。”其它军汉见状，也都跪在后面不停叩头。
孙传庭也不让他起来，直接问王正约：“怎么回事？”
王正约回道：“大人，下官按大人吩咐，清理屯田，陈千户本应有田一百五十亩，而实际占田一千三百亩，而下属军户却多有无田之人，都在陈千户家作佃户。下官要将陈千户之田划归其它无田军户，陈千户不愿，所以才有今日之事。”
孙传庭转头问陈千户道：“县令所言，可有遗误？”
陈千户叩头道：“县令所言，无有遗误，可是……”
孙传庭打断了他，直接叫道：“来人，拖出去斩了。”
侍卫已经被陆轩叫进来了，立时有两个侍卫上前拖起陈千户向外行去。陈千户吓得大叫：“大人，饶了小的这一回呀，大人饶命呀，大人小的是正五品，大人你杀不得小人呀，大人……”