六月一日，熊廷弼从家乡被召回，皇帝加了他兵部右侍郎衔。他回朝后首先要求停止贬谪攻击过他的言官，朱由校没有理他。然后他献上了著名的三方布置策：在山海关布置重兵，并在登莱，天津增兵，在广宁出兵牵制，并于海上出兵直捣建奴后方。
朱由校看了以后，又单独召见了熊廷弼，直接问他道：“熊卿的策略朕看了以后有些疑问，最主要的问题是，我们到底是侧重于防守还是进攻？”
熊廷弼汗立刻就冒了出来，他的策略，虽然说得含糊，但皇帝却直接看出了他的打算，他一咬牙道：“启禀陛下，臣准备先重防守，再等适当机会再进攻。”他的想法是不容于大臣们的，因为大臣想的是收复故地，而他却是想先守着，不思进攻，就和以前言官攻击他的一样。他在布置策中说要在山海关布置重兵，又在天津登莱增兵，其实就是想先固守再图发展的乌龟壳战术，虽然在奏折中他先说的是“广宁用骑步对垒于河上，以形势格之而缀其全力”，那不过是想掩饰一下罢了。
“朕不懂战事，然熊卿欲重兵于山海关及关内，则关外必然兵少，建奴来攻，如何应付？”
见皇帝竟然没有斥责他的意思，熊廷弼的心安定了下来：“臣有罪，臣思之，若敌来攻，则可相机而动，敌多而猛，则可先撤其兵，等敌退则又据之，敌若少，则可攻之，等其援兵来，则又撤之。”说完跪在地上，不停地叩头。
朱由校想，如果是别的皇帝，当然不会同意他这么做，大臣也不会同意，因为这是赤裸裸的畏敌呀。但是他知道，在野战中，明军想打赢建奴很难。既然如此，那当然就应当避其锋芒，他是知道游击战的，用游击战的方法来对付建奴，应该是个好办法。
“朕听说过一句话，存地失人，人地皆失;存人失地，人地皆存。熊卿看来也很明白这个道理，那朕就放心了。不过朝廷已经从澳门购买大量红夷大炮，实为守城之无上利器，等大炮运来之后，卿可择一坚城，安置大量红夷大炮，以做固守。”
“陛下圣明，臣谢过陛下隆恩。”熊廷弼明白，皇帝是想用这个方法来堵住群臣的嘴。
“朕升卿为兵部尚书，经略辽东，卿当为朕守住广宁这一条线，广宁绝不可失，其余天津，登莱朕自有安排。卿欲用何人，尽可报来，朕赐你尚方剑，有专事之权，望卿毋让朕失望。”
熊廷弼请为监军道臣高出、胡嘉栋，督饷郎中傅国昭雪，恢复官职，让他们理事。建议启用辽人原赞画主事刘国缙为登莱招练副使，夔州同知佟卜年为登莱监军佥事，原临洮推官洪敷教为职方主事，军前赞画，用以收拢辽人的心，朱由校都同意了，并下旨升熊廷弼为兵部尚书兼都察院右副都御史，驻于山海关经略辽东等处军务。
又下旨右佥都御史毕自严巡抚天津，升登州道按察使陶朗先为都察院右佥都御史，巡抚登莱等处地方。沈有容升为总兵、都督佥事，主持登莱海防事宜。天启元年七月初三，是熊廷弼启程的日子，朱由校赐给他一身麒麟服，四枚彩币，设宴于郊外，派文武大臣为他陪酒、饯行，并派杨光皋周遇吉带两个步兵营，一个骑兵营，一个炮兵营护送他赴任。
和熊廷弼交待好后，朱由校又唤过杨光皋道：“前日和你们说好的事要记住，你们给朕仔细看看，辽东各地之兵到底如何，可否和建奴一战。这次野营拉练，尽可能接近实战，主要是让士兵适应辽东气候地形，检验指挥，行军，兵种配合各方面的问题，尽量接近前线，但不要过河和建奴作战。”杨光皋兴高采烈，连连点头。
八月初五，秦良玉只带着两个女侍卫和她受伤的儿子马祥麟从山海关回到京师，朱由校又召见了她，再一次赏赐给她许多金银布帛，并赏马祥麟彩币若干。皇后和纯妃良妃都赠送给她一些礼物，朱由校命鲁钦带领两个步兵营一个骑兵营护送她回西南。
鲁钦除了带有三个营的正兵外，还带有一个辎重营，朱由校命令他每到一地，都要按士兵人数在当地衙门领取粮草，恐怕各地官员不会配合，朱由校赐给鲁钦尚方剑，并要他领取粮草后要出具收条，将来收条可以用来当缴税证据。这个方法是他和徐光启商量后制定的，先来试一下，看效果如何，再来决定是否推行全国。
熊廷弼刚出发，王化贞奏折来了，他部署将领，沿辽河设立六所军营，每营设置参将一人，守备一人，各自画地分守。西平、镇武、柳河、盘山等要害地分别设立防哨。奏折登在邸报上，熊廷弼看后不以为然，上书说：“河面狭窄不可靠，城堡太小难容驻兵，现在只应牢牢地守住广宁。如果分兵在河上驻守，部队分散力量就弱小了。敌人用轻骑兵偷偷渡过河来，专攻一所营房，我军力量必然不支。一营溃败，其他各营就都会败，西平等地的防哨也不能守住。河边只适于设立游击队，轮番出入，使敌人莫知浅深，不该屯聚一处，给敌人乘隙袭击的机会。”
朱由校肯定了熊廷弼的意见，但也下旨给王化贞，升王化贞为辽东巡抚，命令辽东原有主客军专力防守广宁。
七月十二，熊廷弼到达山海关，杨光皋等人拜别了经略大人，开始向广宁进军。按皇帝的要求，每日强行军三十里，结果第一天只走了十五里就天黑了。
晚上京营召集司级以上的军官开会，几十个人将大帐挤得满满的，大家打招呼行礼搞得热闹非凡，杨光皋拍了一下桌子，顿时鸦雀无声。
“诸位兄弟，皇上看重京营，大家都是知道的，今日是第一次野营拉练，皇上说是一日三十里，那样我们就可以在十天内到达广宁，现在一天只走十五里，那可是打了对折，为何会出现这种情况，诸位有什么想法可以加快速度的，都一一说来。”