《大明科学报》开始发行后，朱由校就开始了在兵器局实验室的实验研究。今年京师大学堂的招生考试比之去年更加热闹，特别是师范学堂和吏员学堂的学生开始分到各地当起了教师和吏员后，原来心存顾虑的人都明白过来了。大量的学子来到京师考试，一时客栈和食铺赚得合不拢嘴。
研究院又招收了六百名新生，而朱由校教过一年后，他的讲义就成了新生的课本，由其它精通某一方面的教师去上课。当然，也有些学生问得教师哑口无言，特别是医药班和农学班的。
于是朱由校就决定每十天去京师大学堂一次，不是讲课，而是解惑。
这天是到京师大学堂去的日子，他带着一定要跟着去京师大学堂玩的朱徽媞，来到了专门为他准备的一个房间。
一会儿，医药班的学生来了，是个大约四十来岁的中年人，一进门他就跪倒在地叩头。朱由校让人扶他起来道：“新来的不懂规矩，朕在京师大学堂是不接受跪拜礼的，作揖即可。”
中年人站起来后道：“陛下，礼不可废。学生吴有性，前些时日听先生说，水中或者气中有细菌，学生不明白细菌是什么样子的，先生也不知道，只能叫学生来请教陛下。”
朱由校想了想道：“兵器局和玻璃厂合作，要造出一种器械，可以看到水中的小虫，现在还在实验阶段，可能几个月后就能成功，所以朕现在也不能让你看到。但朕以前曾经在一个地方见到过水中的小虫。而有很多病是因为很小的细菌引起的，这个没有问题。”
吴有性不敢不信，又说道：“陛下，各种疾病是如何产生的，学生平日也有思考。但一般的医图只是标出各处穴位，身体里面的情况并不清楚。而陛下的讲义中将血管的类型和样子都分得清清楚楚，学生不知道是从哪本书中看到的。”
朱由校道：“你想知道人的身体里面是什么样子的吗？”
吴有性点了点头道：“学生确实想知道。”
朱由校道：“你胆子够大吗？敢把人剖开吗？”
旁边的朱徽媞睁大眼睛，吓得啊地一声大叫。吴有性有些奇怪，这个小太监怎么敢在君前如此失礼。
朱由校连忙道：“媞媞，你让王都监带去外面各处玩一下，我这里有正事要办。”
朱徽媞被皇帝哥哥的话吓坏了，急忙站起来和王承恩一起出去了。朱由校看着吴有性，等他回答。
吴有性犹豫了一会道：“陛下，学生不敢杀生，但死人还是敢剖开的。”
朱由校道：“很好。朕让你在医药班找几个和你一样想了解身体内部结构的人，一起去辽南，那里有建奴可以让你解剖。你们仔细观察记录，然后写一本人体结构的书出来，如何？”
吴有性学医几十年，读了很多医书，诊治过很多病例。他发现，有些病不是六淫之邪所致，而是四时不正之气所为，他一直不明白得病的原理，而在医药班，竟然听到细菌致病之说，觉得正好可以解释他遇到的这些病例，所以才有来请教皇帝之事。如今皇帝准许他去解剖人体，自然不会推辞。他作了一揖道：“学生谢过陛下厚恩，学生一定不会辜负陛下的期望。”
朱由校道：“国内不允许解剖人的尸体，所以朕只能把主意打到建奴身上。蛮夷与我大明人的区别是在精神，肉体并无不同。朕会给你们一个钦差令牌，近卫军各个部队都会全力支持你的。”
吴有性接过魏忠贤递过来的钦差令牌后，跪倒谢过皇帝。朱由校这次没有阻拦，只是说道：“早点动身，等到显微镜研制完善后，朕会派人给你们送过去的。”
第二个进来的学生却不是农学班的，而是一个十三四岁的少年。他作了一揖道：“陛下，器械班学生方以智申请到兵器局去实习。”
朱由校打量着这个少年：十多岁的少年努力装出老成的样子，只作揖显然是听了外面的人说的，而面对着皇帝，终究不能镇定自如，腿微微地抖着。
今年研究院的器械班新生并没有直接进入兵器局实习，因为朱由校认为还是先学一些基础知识了再去后更好一些，而且已经有了去年的学生，对研究院学生的需要并没有那么迫切。
朱由校笑笑道：“你为什么要直接去实习？应该学习的功课你都学好了？”
微微颤抖的双腿渐渐有不支之势，方以智满头大汗地说道：“陛下，学生，学生已经学了课本上的知识，觉得只有和实际相对照，才能真正学到知识。”
朱由校有些奇怪，于是问道：“你在哪里学的？”
方以智回道：“陛下，学生在家里由母亲和姑姑教了一些西方的学识，在这里有些东西学生已经学过了。”
朱由校问道：“你是哪里人？”
方以智道：“陛下，学生是安庆府桐城县人，家父现任兵部职方司郎中。”
原来如此，朱由校点了点头道：“兵器局有许多研究方向，有蒸汽机车，有火铳，有大炮，还有其它的一些研究，那你想去哪里实习？”
方以智想了想说：“火铳大炮，杀人之器，不学也罢，我去学习制造蒸汽机车。”
朱由校大笑道：“小小年纪，倒有些老气横秋的样子，有意思。杀人之器也有其可用之处，象建奴猖獗，如果没有火铳大炮，如何能够杀退他们。朕准你去兵器局实习，希望你能帮助兵器局，造出更好更快的蒸汽机车。”
第三批学生更奇怪，竟然是地理科的两个学生。一个三十多岁，一个二十多岁。两人作揖后，二十多岁的学生开口道：“陛下，学生张岱想要退学。”
朱由校奇道：“你想退学，为什么？别人想进研究院都进不了呢，你竟然想退学？”
张岱道：“学生当时来考，本来想治史的，但是没有历史班，想着历史地理相近，所以报的地理班，但后来才发现，其实学生对地理不感兴趣，既然没有历史，学生觉得还是回家写文治史比较合适。”