洪承畴来到永宁后，他先拜见了巡抚朱燮元，宣了皇帝密旨，然后与秦良玉和鲁钦交换了意见，借了部分白杆兵和近卫军后，就开始干活了。
他先将关押着的土司及头目们进行甄别，大家相互检举揭发，然后把被迫加入叛乱的集中在一起，明确告诉他们，如果想回家，就要让家中出钱来赎罪。当然，根据加入叛军时间长短和造孽的多少，出的赎金数目当然也是不同的。
至于主动投诚或者与官军暗通款曲的土司或头目，则给予嘉奖，也是根据投诚的时间来论功行赏。最后的那些死硬分子，则宣布于明日午时，一起斩首示众，并要求所有土司及头目必须要在现场观看。
这一天在永宁最宽大的街道上，搭起了一个大台子，台子周围站立着几十个近卫军步兵，火铳都上好了子弹，而台子旁边的房间里和街道两头更是布满了步兵，以防有人借机生事。
午时三刻到，洪承畴先宣读圣旨：“皇帝诏曰：永宁宣抚司奢贼崇明，不思皇恩，妄杀天朝官吏，攻占重庆，对抗天兵。尔等助纣为虐，辱我边民，杀我边兵。普天之下，莫非王土，特谕各地军民，凡有参与奢贼造反者，皆斩其首，夷其三族，抄其家产。钦此。”
杀气腾腾的圣旨宣完后，洪承畴下令开斩，每一次提上台二十个人，刽子手手起刀落，一颗颗头颅飞上天空，然后落在木板上，滚了几下后，终于静止不动，那张开到极致的双目，似乎在言说自己的悔恨或者不甘。
二十人杀完再换二十个人上来。一千多人一共杀了快两个时辰，换了几茬刽子手才杀完。浓烈的血腥味充斥在街道上，台子旁边观礼的土司们看得面色惨白，有些人屎尿齐流，更有人被吓得晕了过去。连一直主张杀人的鲁钦都不忍再看下去，只有洪承畴面色如常，还有滋有味地品着当地的香茗。等人杀完后，他阴沉着脸看着众土司道：“尔等当引以为戒。”说完转身离去。
几天后，洪承畴查明了大明官吏们盘剥土司土兵情况，他多年在刑部任职，这种事对他来说不要太简单，然后根据官吏行为的程度，分别给予斩首，下狱，抄家等不同的惩罚。依旧是在前几天的大台子上，杀了一批官吏，那些陪杀的官吏表现得比土司更为不堪，几乎是个个失禁。而那些旁观的土民则是大声叫好。
然后由朱燮元宣旨：废除永宁宣抚司，永宁地方设立道府治理，任命洪承畴为永宁知府。这两场杀戮，第一场将土人吓住，第二场则出了土人心中的一口气，使得永宁的人心迅速地安定了下来，朱燮元再派出流官的过程就很顺利了。相信在洪承畴的血腥手段下，流官们应该也是不大敢再激怒土民的了，而大量土司及头目被杀，不但使土民组织不起来，也使得当地人谈知府色变，一动也不敢乱动。
鲁钦在给皇帝的奏折中，大大将洪承畴赞扬了一番，其中有一句话是这样写的：“臣以为论到杀伐果断，唯有孙传庭可与之相比。”朱由校看了后，将这句话念给近卫军众将听，并嗤笑道：“不就是说他们两个是屠夫吗！鲁钦说得自己好象很仁慈似的，他杀的人比孙洪两人加起来都要多得多，战场上杀人和刑场上杀人其实没有区别，杀人只是手段，达到了目的就可以了，你们在战场上以后要记住这一点，不要把手段当成了目的。”众将都点头称是。这时贵州的局势急转直下，贵州宣慰司同知安邦彦，水东土司宋万化联合贵州各地土司，带兵十万，于二月围住了贵阳。
朱由校得到消息后，下旨让贵州巡抚王三善前去解围，并命秦良玉和鲁钦周遇吉一起救援贵州。
秦良玉带领六千白杆兵，加上近卫军七千多人（连上辎重营），浩浩荡荡地开往贵州。
不一日，大军行至赤水卫，而这时候王三善还在沅州调集兵马，向镇远而来。赤水卫的白撒所这时还被奢军残兵占据，众人商议之后，决定先拔掉这个钉子再往贵阳去，先把自己的后路清理干净。
白撒所位于一座山峰上，三面全是悬崖，只有当面有一条小路通往峰顶，硬攻上去显然很难，重要的是大炮拖不上去，死伤会很多，所以周遇吉先带几个懂夷话的白杆兵去劝降，不料白杆兵才开口，上面一阵箭雨就射了下来，幸亏周遇吉他们的甲好，所以只听到箭射到甲上的声音，倒是没有人受伤。
奢军见箭射不倒他们，就开始用石头砸，几个人狼狈不堪地退了回来。周遇吉恨声道：”没用，换第二套方案吧。“
周遇吉点了一个司的步兵向上走去，到了石头可以砸到的地方停了下来，排成两排，开始用燧发火铳对着墙头射击，先倒是打倒了几个奢兵，后来奢兵学乖了，都躲在城墙后面，抽冷子射几箭，当然一般都射不到步兵身上。
于是两边就开始了无聊的射击游戏，周遇吉不停地换人上来，看样子是想用火铳将此地攻下，城墙内不断地响起嘲笑声。
两方僵持快一个小时后，峰顶突然冒出大量浓烟，步兵们齐声欢呼，而奢兵不明所以，往后看才知道后院起火了，想往上赶吧，这里又不敢放弃，不往上赶吧，家人又在上面，不过很快他们的犹豫就没有必要的，因为大量的白杆兵从上面开始往下冲。周遇吉这次来皇帝让他带了铁鳞甲三千具，赏给了白杆兵，白杆兵穿上了铁鳞甲，那可真的是如虎添翼，又是从上往下杀，所以很快将奢兵杀得四处逃散。
一起只有这么大的地方，又能逃到哪里去呢？所以大量的奢军只好跪地请降，很快白杆兵杀到城墙，将门打开，近卫军进去后，已经看不到抵抗的奢军了。