方从哲思考了一会说道：“陛下，这样只怕也还是不行，朝中有许多大臣，家中或者是其亲戚等人，就有大量商铺，如果收税，虽然他们依然也可以赚钱，但谁也不会嫌钱赚得多，只怕不会同意，而且他们还有堂而皇之的理由，朝廷不可与民争利，况且先帝刚刚才废除了矿税，陛下立即就收商业税，会惹群臣议论。”
朱由校想了想，试着说：“如果朕与首辅都同意了，再强制下旨收税怎么样？”
方从哲连忙阻止：“陛下，万万不可，给事中可以封驳圣旨，陛下如下旨收商业税，臣可以肯定他们一定会封驳的，到时朝廷威信受损就不好了。”
朱由校明白方从哲的意思是皇帝威信受损，原来皇帝也不是想做什么就做什么的。那么要如何做才行呢？他就这个问题请教首辅，方从哲沉默半晌后道：“除非让大多数朝臣都同意。”说罢接着就摇摇头，他也知道这几乎是不可能的。
朱由校才知道这个问题确实很难，先一步步来吧。于是提出想让徐光启任户部尚书，要首辅支持自己，方从哲当然是满口答应。
几天后，朱由校召集内阁开会，提出要将徐光启升为礼部尚书，并因为徐光启是自己的第一位日讲官，提出要赐给他一面帝师金牌，凭金牌可以随时面圣，并可管辖三品以下官员，夺职五品以下官员。
内阁强烈反对，除了方从哲，内阁其余两人都认为徐光启资历太浅，现在也不过是正三品，而且礼部尚书孙慎行刚刚上任，并无错处，怎么能以徐光启取而代之呢？而金牌对三品以下官员都有管辖权，这会使徐光启权力太大，更不用说还可以随时夺职五品以下官员了，这样会让徐光启的权力比内阁首辅还要恐怖，恐非国家之福。
方从哲对徐光启是很满意的，不仅是皇帝前几天给他说了，更主要是因为徐光启无党派，他当尚书总比东林党人当这个尚书要好得多，只是要他同意徐光启取代孙慎行的话总不大好意思说吧，何况孙慎行比徐光启早九年中进士，确实论资历方面是强于徐光启的，再说上次皇帝说的是户部，他也正困惑着，所以只好不表态。
朱由校笑道：”徐先生资历太浅，如果资历是指考中进士的年限，这个我承认，但徐先生中进士以来，翻译泰西书籍，撰写农业，历法方面各种著作，且曾开渠种稻，练兵强军，教育皇孙。有人中进士确实早，却每日只知蝇营狗苟，争权夺利，党同伐异，无一功于国。如此资历，便如那积年老贼，有不如无。“
皇帝这样说，这下内阁中人倒不好再从资历方面反对了，特别是东林二人，生怕皇帝将自己也归入党同伐异那一块里面，因为孙慎行也是东林人。刘一燝道：”即便不论资历，只是礼部孙尚书上任以来，尽心任事，如夺其职，则无法说清原由，且不好安排，请皇上三思。“朱由校马上说道：”那各位意思是徐光启可以升为尚书，只是孙尚书不好安排是吗？“
两位阁臣只好都回道：”正是如此。“
朱由校笑了，转了话题：”方首辅，前日李尚书告病奏折还没有批复是吧？“
方从哲这才明白了皇帝的意思，不由大喜，户部尚书比礼部尚书当然更重要：”正是，李尚书身染沉疴，然户部一时无人可继任尚书，所以还没有批复。“
”那好，徐光启精于算学，可为户部尚书。“
这下刘韩二人没有了办法，前面既然认为徐光启有任礼部尚书的资格，那当然可以任户部尚书了。但是刘一燝不甘心，又对金牌事提出质疑，认为金牌权力太大了。既然主要目的达到，朱由校也不为己甚，就同意将金牌功能下调一个等级，才让内阁诸人都同意对徐光启的任命。
不几日，户部尚书李汝华第九次上疏求去，皇帝终于准许了，为奖励他这么多年兢兢业业在户部的操劳，命加封太子太保，赏赐金银绸缎，让锦衣卫护送其回乡。
同时皇帝下旨：擢升徐光启为户部尚书，赐帝师金牌一面，持金牌可随时进宫面圣，所进奏折一经注明就可以不经通政司或者会极门（外官奏疏要经通政司，京官奏疏要经会极门），而直呈御前。
徐光启本以为皇帝只会让他任户部右侍郎，最多左侍郎，想不到却是尚书，不过他倒是没有故作姿态地推辞，进宫谢恩后立刻和朱由校开始商量商业税的收缴方法，两人商量到吃晚饭时还没说完，张嫣等皇帝吃饭，左等右等总是不来，派人去打听后怒了，又是这个徐光启，上次的事还没找他麻烦呢，于是带上段英和王婉，直接求见皇上。
朱由校很是奇怪，于是让她们进来，也不让徐光启避开。三女进来见礼后，张嫣开口道：“皇上，您的龙体乃天下安危之所系，亦是臣妾等的依靠，更是天下臣民最关心的事，徐尚书耽误了皇上用膳，影响龙体康健，这个责任不知道尚书大人可担当得起吗？“
徐光启这才发现天色已晚，连忙下跪请罪。朱由校阻止了他，笑笑道：”是朕留先生商议的，与先生无涉。好了，也差不多了，请先生先回去吧。“
徐光启谢恩退出后，心里大是疑惑，听说皇后贤明温婉，为什么今天要特意针对自己呢？自己做了什么事让皇后不高兴了吗？想了半天没想出所以然来，只好摇头叹息着回去了。
朱由校待他走后，又笑着对张嫣说道：”明白你们不能恨我，就把徐尚书恨上了，这叫做打鱼不到怪鱼篓。徐尚书本来是一番好意，下次不要这样了。念在你们是初犯，今晚家法伺候，朕要亲自行刑。“三女羞红了脸，啐了一口，笑着逃开了。