很快，各位大臣出于不同派别的利益，或出于个人的私怨，纷纷开始追究起熊、王失疆的责任来。兵科都给事中蔡思允首先发难，奏请惩治熊、王及高出、胡嘉栋等人罪。朱由校已经放过熊、王，让他们“戴罪候处”。高、胡二人在辽沈之战时为逃将，此次又逃，令“锦衣卫拿解来京”。接着，二月十一日，大理寺少卿冯从吾、太常寺少卿董应举、太仆寺少卿何乔远三人联名上疏，要求逮捕熊、王，“以申国法”。朱由校虽然知道熊廷弼的策略应该是对的，但又深恨熊廷弼辜负他的厚望，竟然没有稍做抵抗就放弃了关外之地，于是在十三日，批准逮捕王化贞，只是将熊廷弼革职，回家听候处理。但熊廷弼不愿回家，担心一离京师，受到东林党政敌攻击，加罪于己，他留京可以随时辩驳种种不实和诬陷之词。
这天，王承恩带着两个小太监来到熊府。说是熊府，其实是熊廷弼典租的一处小房子，门口门子也没有，小太监上前敲门，熊廷弼的长子熊兆珪开了门问道：“不知公公有何事？”
王承恩道：“奉圣谕，着王承恩问熊廷弼几句话。”
熊兆珪道：“公公请。”然后在前面引王承恩来到熊廷弼的书房。熊兆珪在门前轻声道：“大人，王公公奉旨问话。”
书房门“吱呀”一声打开，熊廷弼满面愁容地拱手道：“公公请。”王承恩进了书房，站在上方，熊廷弼一拂前襟就要跪下，王承恩道：“不用了，站着回吧。”
熊廷弼这才站直身子，低头聆听。王承恩说道：“熊廷弼，想当日朕送你前去辽东，殷殷相语，犹在耳旁，辽东事种种，尔可有愧？”
熊廷弼“扑通”一声跪在地上，嘶声大叫：“皇上，臣有愧呀！臣罪该万死，请皇上将臣斩杀，传首九边，以儆效尤。”
王承恩清了清嗓子道：“朕知道你会说有愧，现在说有愧有什么用呢？当时为什么不去广宁，你不是有五千兵吗？”
熊廷弼连连叩头：“当日大军已败于沙岭，臣只有五千兵，如果前往广宁，则城破事小，辽民无辜，尽皆沦为奴手，臣思前想后，只得先护民入关再说。”
“你一定会说你是想护送辽民入关，那朕在这里要你摸着自己的良心来说，当时你是不是怕了？王化贞败了，你是不是很高兴？”
熊廷弼停顿了一下道：“皇上，臣当时兵少将缺，而建奴败大军于沙岭，臣心畏惧，故不敢前。到于王巡抚之败，臣只有痛心，叹国事多艰，不敢有幸灾乐祸之想，臣此言出于内心，如有虚假，则子孙后代皆为奴也。”
“骆养性说他曾经提醒过你，不可相信孙得功，可有此事？”
“确实有此事。”
“那为何你不疑孙得功？是谁让你觉得孙得功可信的？”
熊廷弼思考良久道：“臣接锦衣卫传报后，派属下佟仆年去查过孙得功，他回报说孙得功忠君爱国，一切如常，所以臣以为锦衣卫情报有误，致使酿成如此大祸，臣愧对皇上呀。”王承恩转身就走，熊廷弼跟在身后低声道：”请王公公禀报皇上，臣有罪，愿受国法惩处。“说罢向熊兆珪使了个眼色，熊兆珪拿出一个托盘递到王承恩身前。
王承恩看着托盘上堆满的银币，笑笑道：”皇上说过，一文不取显得假，取得多了是为贪，一块钱当跑腿费了。“说罢取了一个银币，在手里颠了两下，大笑着向外走去。
熊廷弼看得目瞪口呆，问熊兆珪：”现在京师里内官们收钱都是这个样子吗？“
熊兆珪摇了摇头道：”大人，儿子才来不久，也不知道是不是这样，不过上次涂公公之事，可是在周报上大肆宣扬了几次的。“
王承恩回去将熊廷弼的回答说了一遍，问道：”圣上怎么要奴婢收一块钱呢？“
朱由校笑道：”不能让你空跑呀，一块钱你收了心里会舒服一些，而他出了又不会心痛，这样不是两方都好吗？但朕说过的，收钱超过一块就去见涂文辅，这一点你平时也给我看着点，特别是东厂那边，不能太相信人的自觉性，一定会有人碰在刀口上的。“
王承恩现在有一批手下，专门在宫内探听消息，这是朱由校不想让东厂蒙蔽自己的一招棋。王承恩回道：”圣上放心，奴婢会看紧的。圣上真是天生圣明，连熊廷弼会如何回答都一清二楚。“
朱由校说道：”少拍马屁，他能说什么，原因其实朕也知道，私心也是有的，也确实会担心辽民。将那个佟仆年抓起来，让锦衣卫给我好好查查，这人只怕有些问题。“
朱由校逮捕王化贞而放过熊廷弼，这让东林人坐不住了，张鹤鸣首先开炮了，他公然说：“化贞功罪相当，廷弼有罪无功。”而左光斗等人则是揪住朱由校说过的功罪一体，认为不应该逮捕王化贞，而只将熊廷弼革职，应该将两人都下狱问罪。
这次朱由校已经下定决心，不再受这些大臣的蛊惑了。不过既然自己说过功罪一体，那就让你们搞吧，他下旨由三法司确审广宁一案，熊廷弼和王化贞于三法司听问。并召来魏忠贤，吩咐他，熊廷弼和王化贞一案，东厂要全程监视，任何消息都不可放过，每天都要报告。
现在首要的问题是要找一个人去收拾辽东的乱摊子，兵部尚书张鹤鸣生怕皇帝找他的麻烦，自请去辽东，皇帝准了。孙承宗已经是礼部右侍郎了，刘一燝在三月受人攻击于是请辞，朱由校一直不喜欢他，自然就准了，这样内阁就只有三个人了，多名大臣上书建议内阁应该要加人了，在皇帝同意后，大臣们进行了会推，孙承宗的名字排在第一，徐光启的名字排在第五。朱由校问过方从哲，方从哲说按规矩应该从前面开始选，也就是说如果要选徐光启，就应该把前面四个都选上才行。于是皇帝只好下旨：升孙承宗为兵部尚书兼东阁大学士入阁办事。张鹤鸣加封太子太保，并赐给了尚方宝剑，经略辽东。