王恭厂位于皇城西南隅，原来因为有火药局在这里，环境不是很好，现在火药局造到城外，这地方立即成为宜居之地。朱由校自己亲自做规划，按照后世的样子，先划出主路，然后在主路旁边划出住宅区，教学区，配套小商业区，绿化区。其它的具体问题他就无能为力了，只是强调路必须用水泥，然后楼房统一建成三层。
主管的人是魏忠贤的好兄弟魏朝，此人当年是王安手下，一直和魏忠贤关系极好，魏忠贤对朱由校说：“魏朝这人其他的不好说，但是人不贪心，如果圣上用他的话，王恭厂的账目奴婢倒是可以保证清清楚楚。”
魏朝一上位，首先就给了朱由校一个惊喜。他在外面转了一圈后，向皇帝提出，砖瓦沙石什么的其实可以不用钱的，外面大把的商人想免费供应，只需要能让他们在周报上打广告就行，朱由校想不到这个时代的人广告意识竟然如此之强，于是交代他与王承恩接洽。
于是周报上就出现了皇家专用砖厂，瓦厂，沙石厂的广告，而魏朝则只用了原价的十分之一取得了大量的原材料，这还是朱由校反复强调不能白用的结果，按商人的意思本来是不要钱的。
而至于人工，魏朝在登莱招募了大量的辽民，在内宫监工匠的指导下，开始进行王恭厂的建设。朱由校吩咐要给工钱，然后饭要让人吃饱，不要苛待辽人。
有钱有人，那么基础建设就很容易了。王恭厂的清理进行得很顺利，一个多月后，朱由校看到的是一大片平整的空地，以及空地中间横平竖直的水泥大道，大为满意，狠狠地表扬了魏朝一番，并允诺如果王恭厂能按质按量地完成建设过程，就会准许他从宗族中过继一子以承香火，把个魏朝激动得干劲冲天，发誓一定要把王恭厂的学校和住宅区建设得比皇上要求的更完美。
在朱由校的提示下，魏朝与孙元化合作，制造出了以滑轮组为主要部件的吊装工具龙门吊，使得建设时的效率大大提高。而魏朝又招收了大量的泥瓦匠，木匠，石匠组成了一个皇家建筑队。
皇家建筑队里安排了识字的太监，由他们负责进行调配，进行统筹安排，力求让每个人都能发挥最大的作用。并让大家熟悉龙门吊的使用方法，熟悉水泥的性能和混凝土的制作方法。
这样等到皇家建筑队进入王恭厂建设场地后，很快就以其速度震惊了各个行会的老工匠。工地上的每一个人都能找到自己的位置，明了自己的责任，根本没有窝工的现象出现，而水泥的出现，使得很多以前根本不可能出现的建筑样式也成为可能。
当第一幢使用了水泥的三层楼建成后，朱由校前来视查，首先看到整幢房子是砖墙结构，而楼板用的是厚木板，朱由校其实觉得最好是用混凝土楼板，但现在不可能把宝贵的钢铁用在这里，再说木楼板也有它的优点，所以也觉得挺好的。
朱由校对学校建筑提的要求就是结实好用，而对住宅区提的要求是精致。在他的设想中，大学城里是有学生宿舍的，所以外面的住宅区是要卖给京师里的有钱人的，当然是怎么豪华怎么来。魏朝听了后，小声地说道：“圣上，如果是卖给有钱人居住的，那可不可心在外面搞一个小院子呢？围起来和旁边隔开可能会显得更高贵些。”
朱由校想了一下，后世的高级住宅区是有一个独立的空间呀，确实可以。于是说道：“要有院子，然后住宅只要建两层楼就行了，样子还是按朕画给你们的结构来做，特别是玻璃窗户一定要大，然后壁炉要修好，朕要一个中西合璧的新式样，一定可以吸引很多人的。
朱由校发现这个年代比后世似乎要冷一些，而暖气好象比较麻烦，而用炉子又担心有安全问题，所以他决定引入壁炉，相信这种房子应该会有人想买。
这种样式至少西方的传教士们是会有兴趣的。金尼阁还是没有能说服龙华民修改传教策略，他只好把两人之间的分歧写信回教廷，请求修改部分在大明国传教的规章，特别是不准祭祖的问题，还没有得到答复。
而翻译局的翻译工作进行得很顺利，金尼阁的《西儒耳目资》虽然还没有完成，但已经写出来的部分完全可以用来对翻译人员进行培训，所以七千部书中的部分作品，与实学有关的数学、建筑学、天文学、机械物理学、矿冶、医学、航海术等书籍已经翻译了一部分，朱由校特别强调了数学和机械物理学及矿冶这三方面的书籍是最为优先的翻译书目，他准备在大学里首先要推行的就是这三门，因为这三门知识是最容易提高大明的科技水平的，后世不是有一句话吗，学好数理化，走遍天下都不怕。
当然，不可能让学生捧着翻译出来的书籍来直接学习，还要让他们一步步地从最简单的东西学起，所以必须先要有教材。这是一个很复杂的事，如果朱由校把自己高中所学的知识全部拿来，给学生去学，那是完全不可能的，因为朱由校只是知道一些基本的知识，而对整个科学体系并不了解。比如你在教材上说，重力是如何如何的，那学生如果问，为什么是这样的呢？你根本不知道，那事情就很有意思了。
所以，编教材还是只能让传教士来做，朱由校派遣翰林院的翰林们和传教士合作，尽量编写出通俗易懂的教材，当然里面都是很简单的，象数学都是从四则运算，列竖式什么的学起，最高深的也不过是面积和体积的计算，至于物理，则主要是讲的机械知识，基本上是关于力的一些简单现象，牛顿三定律是不可能讲的，矿冶方面当然不可能讲到元素周期表，都是什么和什么可以变成什么，铁的冶炼呀这样的一些表面的东西，这让朱由校很着急，但是没有办法，他这才发现，自己学的一些东西当时觉得很简单，但真的想把它们搞透弄明白原理，其实是很复杂的一件事。
当然，为了让传教士能够尽心尽力，朱由校答应金尼阁，如果解决了祭祖祭孔的问题，可以在大学城里给他们建一个教会学校。这个许诺让金尼阁激动不已，不停地向龙华民施加压力，而龙华民也有些意动。