大家终于扳倒了熊廷弼，大受鼓舞，觉得应该再接再厉，御史郑宗周认为对崔文升处罚太轻，应该将他诛杀，并参首辅方从哲包庇崔文升，要他立刻退出内阁。
然后刑部给事中魏应嘉参方从哲，认为在辽东边事上内阁的应对没有一次切中要害，所做决定混乱并无作用，另有崔文升李可灼处罚太轻，责任都在方从哲身上，应该将方从哲罢掉。
看着象菜市场一样的朝堂，朱由校只有苦笑。但方从哲他是准备保的，因为攻击他的都是说崔文升和李可灼的事，而这事他都是亲历了的，责任并不在方从哲身上，所以所有的奏折都是留中不发，让他们先吵着。
朱由校回到后宫里，接到了骆思恭派人送来的材料，锦衣卫买通了张国纪家的一个仆妇，声称家中有事而让锦衣卫里的一个女谍代她进张府做事，所以张府举动尽在锦衣卫掌握之中。材料上对每个人的情况都有描述，其中张嫣的是：“郁郁寡欢，长期不发一言。”朱由校交待骆思恭派来的人，重点查探此女情况，愈详细愈好，并注意保护此女安全。
孙传庭接旨后于九月二十六回到京师。到了京师，先到兵部报到，刚刚办好，宣他进宫的旨意已经到了。
孙传庭二十七八岁很精干的样子，见过礼后，朱由校赐座。然后说道：“朕听闻孙卿任职以来，办事雷厉风行，行事得体。今日想听一听孙卿对我大明官兵有何看法。”
“陛下，臣刚到兵部，不敢妄言。”
“姑妄言之，朕且听之，我大明不以言罪人，孙卿尽管畅所欲言，无须顾忌太多。”
“那微臣就斗胆妄言了。我大明官军，其弊有三，一者训练太少，二者军饷不足，三者军中老弱多而青壮少。此三弊其实归结一起，不过是一个钱字。朝廷军饷其实是给了的，只是不知道进了哪些人的口袋。军户常沦为官吏豪强的奴隶，根本没有多少战力。”其实以文御武也是一大弊病甚至是最大的弊病，但是他是文臣，巴不得如此，当然不会说。
“孙卿所言有理，朕欲整顿京营，不知孙卿可否助朕将京营打制成可战之兵？”
天大的机会摆在面前，孙传庭当然会死死地抓住：“愿为陛下效死。”
“好，卿且起来，朕任命卿为钦差京营清理大臣，赐你尚方剑，杀该杀之人，还朕一个干干净净，敢战能战的京营。”
“清退无用之兵将，厘清军饷之脉络，现有京营鲁游击，周把总，是可信之人，能助你了解京营情况，你们先商量着，好生准备，明天朕就下旨了。”
九月二十七，皇帝下旨，兵部职方司郎中孙传庭任钦差京营清理大臣，赐尚方剑。这个钦差大家从来没听说过，不过既然是文官办理武事，而且是从内官手里抢的，文官们当然是乐观其成。
孙传庭并没有直接去京营。他先向鲁钦和周遇吉了解了一些基本情况。九月二十八，他进了京营，敲响了聚将鼓，鼓声将尽，大堂之中，众将分列两旁，孙传庭高坐于案前，手里拿着一封案卷，对着队首二人道：“李总督，王协理，众将可曾到齐？”总督京营戎政李信连忙跪在地上，协理京营戎政王涛站在一旁，李信道：“启禀钦差大人，京营众将，共有大将，副将，参将，游击，佐击二十八人，并总督，协理共三十人，全员到齐，请钦差点阅。”
昨日下旨，今天不来的人只怕是傻瓜，孙传庭当然明白将领们会来，他本来也没有想在这里做文章的。
“李总督，不知军营兵卒几日一操练呀？”
“好叫钦差大人知晓，每日都要操练的。”
“那每次操练有多少人参加呢？”
“每日操练，因轮值原因，略有不同，多时八千人，少时六千人。”
孙传庭心里直骂：“一日操练不过三四百人，竟然好意思夸大几十倍，也不怕风把牙齿吹掉。”于是温言道：“那就好，那就好。李总督，王协理，本钦差奉皇上之命，清理军营。按卷中所记，五军营应有正兵六万人，备兵六万六千六百六十人，神机营应有四万人，神枢神机两营，各有正兵三万人，备兵四万人，不计班军，总计是正兵十二万人，备兵十四万六千六百六十人，不知本钦差可有计算错误。”
李信道“钦差大人怎么会算错。”王涛亦随声附和。
“那就好，各位身受皇恩，想来一定会公忠体国，勤于王事，明日本钦差要在京营校场清查各军，卯时整军完毕，以便查验，现在去准备吧。”
李信听罢，立时满头大汗，看向旁边王涛，王涛也正在看向他，两人眼中都是同样三个字“怎么办？”
众将出了大堂，没有离开，都聚在一起，把李信与王涛围在中间。七嘴八舌道：“这个钦差是个驴货吗，哪里来那么多人，查验查验，查他姥姥的验。”“只怕钦差早就知道情况，明天是想给我们一个下马威的。”“老子不管他什么钦差，今天给他面子来了就不错了，明天老子要逛堂会，来不了。”“张有业你个驴货，早上就去逛堂会。”吵得李信脑子都要翻浆了。
他大吼一声：“都他妈的别吵了。”众人静了一下，马上又是一样：“李信你叫个什么劲，明天你晓得在哪个地方呆着呢。”“李总督好大的官威呀，我好怕呀。”“我就不信钦差明天敢把我们咋样，真的厉害的话你去找公公呀，他们可是得的大头。”
李信见不是个事，也不再吼叫，直接对王涛说：“我们去找钦差先说说吧，不然明天只怕不好看。”
两人各带了两个平日亲信的将领，六个人一起来到大堂门口，门口的卫士道：“钦差有令，倦了要休息，有事明天再来。”两人对视一眼，心里已经明白，钦差明天是要来给个下马威了。现在找后台已经没有用了，谁能有钦差的后台大。