四月，朝廷决定由刑部尚书王纪、左都御史邹元标、大理寺卿周应秋组成三法司，会审熊廷弼和王化贞案。初审这天晚上，魏忠贤将审案过程记录呈给了朱由校，这是东厂听审的监察员记录的。
首先提审的是熊廷弼，熊廷弼先跪了三法司，然后就立刻站起来：“我起自田间，复任经略，原议是让我驻山海关，并无驻广宁的片字决定。广宁失守，罪在王化贞！”
左都御史邹元标厉声驳斥：“早就说过，失地丧城，功罪一体，你还想要推卸责任吗？”因这是皇帝所说，所以熊廷弼没办法反驳。
接着熊廷弼又对“提审”他提出异议。邹元标接着说：“本职屡奉明旨，内云‘提审’，又有‘确审’字样，你竟然不理！今日必须进刑部下狱，是非自明，你不可抗旨。”
熊廷弼不服，辩解说：“我奉明旨‘听问’，不是‘送问’，写得明明白白，怎能将我下狱？”
两人争论多时，刑部尚书王纪接过来说：“你不肯进刑部，就叫锦衣卫旗尉陪你暂到天仙庵住一日，我们上奏皇上，请旨裁决。”
熊廷弼无法，于是只好自请皇帝下诏逮捕他。
审完熊廷弼，邹元标、王纪都带着客气的口吻说：“请王巡抚过来。”
王化贞一进大堂，就长跪痛哭，说道：“我的苦唯有自己知道，一言难尽！”说着，从袖里取出一封信送上。
邹元标、王纪都说：“你必须承认自己的罪过，将来一定还有重回朝班之日！”安慰了一阵，也没细审，就都站了起来，与王化贞“一躬而散”。
朱由校问道：“这个邹元标、王纪对两人态度为什么大不相同，周应秋为什么没有说话。”
魏忠贤小心回答：“回皇上话，邹元标、王纪都是东林党人，熊廷弼是楚党，王化贞也是东林党人，还是叶学士的弟子。周应秋不是东林党人，说话也不管用呀。”
朱由校笑了起来，原来如此。看来自己上世的信息有误呀，这东林党人并不都是忠心耿耿的，明显的党同伐异，于是说道：“东林党人竟然敢如此肆无忌惮偏袒自己人，打击别党的人士吗？”
“小的曾听人说，东林党的左光斗曾经说过一句话：若非同道，即为仇敌。”“呵呵，有意思，若非同道，即为仇敌。看来东林党是想一家独大，任何时候，一党独裁都是要不得的。你给我仔细查一下，朝中每个大臣是属于哪一个党的，我要搞多党合作，绝对不能让你一党独裁。”
魏忠贤虽然听不懂皇上在说些什么，但至少自己要干什么还是听明白了的，所以行礼退出后，立即让人清理朝中大臣的党派归属，以便报于皇上。
朱由校听了左光斗这句名言后，心里又犯了些思量，于是他召来王体乾，问道：”你查一下徐光启和孙承宗谁先中的进士。“
王体乾躬身道：”圣上，奴婢记得两人都是万历三十二年中的进士。“
朱由校奇道：”你每个人中进士的时间都记得清楚？这么厉害？“
王体乾连连摇头：”奴婢只是对四品以上官员的资料做了一个统计，以备皇上随时查询。“
朱由校道：”两人是同一年中进士，朕记得徐光启比孙承宗的官阶一直都高，为什么我要升徐光启当尚书内阁和大臣们都要反对，而孙承宗入阁反而没人反对呢？“
王体乾低着头道：”奴婢不敢说。“
”恕你无罪，你说吧。“
”奴婢认为，内阁中大多是东林中人，朝中大臣特别是言官也是东林居多，而徐先生并不是东林人。“
朱由校想来也应该是这样，他笑了笑道：”王体乾，你家里还有些什么人呀？“
王体乾跪倒在地：”奴婢父母早亡，如今家中尚有一兄一弟，并侄子侄女等人。“
”有没有想过从侄子里选一个过继你的香火呀？“
王体乾连连叩头：”皇上，奴婢做梦都想呀。“太监因为不能生育，所以很多大监都会过继一个儿子继承自己的香火，而明代太监想要收继子，必须要皇帝赐才行，当然偷偷摸摸的有，但那是得不到别人承认的。
”好吧，你办事确实不错，朕赐你选一个侄子过继到你名下，承了你的香火。“
王体乾激动得全身颤抖，为免君前失仪，他一直等到走出御书房很远以后，才开始放声大哭，那哭声中却偏偏有着那压抑不住的欢喜之意。